Den indre pudendale arterien forgrener seg fra den indre hjerterarterien og leverer oksygenert blod til de ytre kjønnsorganene til både menn og kvinner. På grunn av kjønn er det imidlertid noen anatomiske forskjeller.
Arterien har en tendens til å være mindre hos kvinner. Også noen av grenene i arterien er spesifikke for kjønn. Hos menn inkluderer grener av denne arterien dorsal og dyp arterie i penis, mens kvinner har en dorsal og dyp arterie av klitoris. Kvinner har bakre labialgrener, mens menn har skrotgrener. Det er også andre kar fra denne arterien som er spesifikke for kjønnsorganene.
De underordnede rektale og perineale arteriene som forgrener seg av den indre pudendale arterien er de samme hos begge kjønn.